Pourquoi votre expert-comptable soupire dès qu'il voit vos exports Shopify
La scène est toujours la même. Votre expert-comptable ouvre votre export Shopify, fait défiler les colonnes, et pousse un long soupir. Pas parce qu'il est incompétent. Pas parce que vous avez mal fait les choses. Mais parce que ce fichier n'a tout simplement pas été conçu pour la comptabilité française.
La comptabilité Shopify pour votre expert-comptable, c'est un vrai chantier : plan comptable à respecter, FEC à produire, TVA à ventiler par taux. Shopify, lui, pense en transactions et en payouts. Ce sont deux langues différentes.
Résultat : avant de saisir la moindre écriture dans Pennylane, Sage, EBP ou Sellsy, votre comptable passe des heures à retraiter des exports Shopify qui ne lui disent rien de ce qu'il cherche. Cinq situations reviennent systématiquement. Les voici, une par une.
Situation 1 : le payout Shopify Payments ne correspond à aucune vente identifiable
Votre comptable voit tomber un virement de 1 847,32 € sur votre compte bancaire. Il ouvre votre export de comptabilité Shopify. Et là, rien. Impossible de savoir quelles commandes composent ce payout, quelles commissions Shopify Payments a prélevées au passage, ni si un remboursement a été déduit en chemin.
Ce qu'il lui faudrait : un détail commande par commande, avec le montant brut encaissé, la commission prélevée, le net versé, et la date associée. En l'état, le rapprochement bancaire devient un puzzle sans image de référence.
C'est exactement ce que règle Facturii, l'application de comptabilité pour Shopify dédiée aux e-commerçants. La solution synchronise automatiquement vos données de vente, ventile les commissions en charges comptables séparées et génère un rapprochement bancaire directement exploitable. Votre comptable ne cherche plus : il trouve.
Situation 2 : la TVA OSS est collectée mais impossible à ventiler par pays
Depuis le 1er juillet 2021, si vous vendez dans plusieurs pays de l'UE, vous devez déclarer la TVA selon le taux du pays de votre acheteur. C'est le guichet OSS. Shopify collecte bien cette TVA. Mais comment déclarer ses revenus Shopify correctement si l'export ne ventile pas les montants par pays avec le taux appliqué ?
Votre comptable reçoit une TVA globalisée, sans tableau pays par pays, sans base HT par taux. Déclarer l'OSS manuellement à partir de là, c'est risqué. Une erreur et vous vous exposez à des pénalités lors d'un contrôle.
Facturii produit automatiquement une ventilation de la TVA par pays et par taux, dans un format directement exploitable pour la déclaration OSS. Ce n'est pas un luxe : c'est une obligation légale que votre export natif Shopify ne couvre tout simplement pas.
Situation 3 : un remboursement client fait apparaître un avoir orphelin dans les comptes
Un client retourne sa commande. Vous le remboursez sur Shopify. Dans votre export, une ligne négative apparaît. Sans référence à la commande d'origine. Sans lien avec la facture initiale. Votre comptable se retrouve avec un avoir non lettré et une série de questions sans réponse : faut-il émettre un avoir facture ? La TVA est-elle récupérable ? Sur quel compte imputer la charge ?
Les remboursements partiels, c'est encore pire. À noter que la question des logiciels comptables compatibles avec Shopify se pose ici concrètement : Facturii s'intègre avec Pennylane, Sellsy, Sage et EBP via export FEC ou CSV structuré.
La solution génère automatiquement un avoir lié à la commande d'origine, avec reprise de TVA correcte et numérotation conforme. Ce n'est pas un problème rare : c'est une situation que chaque e-commerçant rencontre chaque mois. Et la résoudre prend deux secondes avec le bon outil.
Situation 4 : le coût des marchandises vendues est absent, la marge est une fiction
Shopify enregistre vos ventes très bien. Vos achats, en revanche, il s'en moque. Sauf si vous avez renseigné manuellement le coût d'achat dans chaque fiche produit, votre export ne contient aucune ligne de COGS. Votre comptable voit un chiffre d'affaires, mais aucune charge de marchandises en face.
Résultat : le compte de résultat est incomplet, la marge brute est une fiction, et vos prévisions ne valent rien. Pour une structure en développement, un auto-entrepreneur qui commence ou une PME qui cherche à piloter son activité, c'est un vrai problème de gestion.
Facturii intègre les coûts d'achat renseignés dans Shopify pour générer automatiquement les lignes de COGS dans l'export, avec imputation en compte 607 ou 601 selon la nature du produit. Vous pilotez enfin votre marge en temps réel, pas trois mois après la clôture.
Situation 5 : l'export CSV Shopify est illisible par le logiciel du cabinet
Votre cabinet utilise Pennylane. Ou Sage. Ou EBP. Vous envoyez votre export Shopify natif. Le logiciel refuse le fichier, ou pire, importe n'importe comment : colonnes non reconnues, dates au format américain, codes analytiques absents, numéros de compte manquants. Votre comptable passe deux à trois heures à reformater le tout. Chaque mois.
Quelle est la meilleure application de facturation pour un e-commerçant Shopify ? Celle qui parle directement la langue de son cabinet. Facturii génère un FEC natif et un CSV compatible avec Pennylane, Sellsy, Sage et EBP, en deux clics. Et pour contextualiser : Shopify prélève une commission sur chaque vente, et un bon export doit distinguer prix de vente brut et commission pour une comptabilité de la TVA sur Shopify propre.
Deux à trois heures économisées par mois, c'est entre 24 et 36 heures par an. À l'heure de votre expert-comptable. Vous voyez l'enjeu.
Facturii parle enfin la langue de votre expert-comptable
Shopify est un excellent outil de vente. En 2025, il reste parfaitement pertinent, à condition de s'équiper des bons outils comptables autour. C'est précisément le manque que comble Facturii.
Née du partenariat entre l'agence e-commerce Huggii et le moteur comptable Sinao, cette application cumule une double légitimité : elle comprend les contraintes du terrain e-commerce ET les exigences de la comptabilité française. Payouts, TVA OSS, avoirs, COGS, FEC : tout est automatisé, quel que soit le logiciel de votre cabinet.
Si vous cherchez une solution pour la comptabilité sur Shopify qui ne vous demande aucune double saisie, c'est le bon moment pour tester. Découvrez Facturii, la solution de facturation et comptabilité pour Shopify, et offrez enfin à votre expert-comptable un export qu'il comprend du premier coup.
Questions fréquentes sur la comptabilité Shopify
Pourquoi les exports Shopify natifs posent-ils problème à mon expert-comptable ?
Les exports natifs de Shopify sont conçus pour les marchands, pas pour les cabinets comptables. Ils ne respectent pas le plan comptable français, ne produisent pas de FEC et ne ventilent pas la TVA par taux ou par pays. Un retraitement manuel est nécessaire avant toute intégration dans Pennylane, Sage, EBP ou Sellsy.
Comment déclarer ses revenus Shopify correctement pour la TVA OSS ?
Depuis juillet 2021, vous devez déclarer la TVA selon le taux du pays de l'acheteur pour toutes vos ventes intracommunautaires. Il faut disposer d'un tableau ventilé par pays avec base HT et taux appliqué. Facturii génère automatiquement cet export formaté pour la déclaration OSS.
Quels logiciels comptables sont compatibles avec Shopify via Facturii ?
Facturii produit des exports FEC et CSV compatibles avec les principaux logiciels de cabinet : Pennylane, Sellsy, Sage et EBP. Le fichier est directement importable sans reformatage manuel.
Combien Shopify prélève-t-il sur une vente et comment l'intégrer en comptabilité ?
Shopify Payments prélève une commission variable selon votre abonnement (généralement entre 0,5 % et 2 %). Ces commissions doivent apparaître comme charges distinctes dans votre comptabilité. Facturii ventile automatiquement ce montant pour que votre expert-comptable l'intègre sans effort.
