Gérer une boutique Shopify, c'est excitant : vous voyez vos ventes arriver, vos produits se faire connaître, votre communauté grandir. Mais quand arrive le moment de faire votre comptabilité... l'enthousiasme retombe vite. Entre les exports de données, les calculs de TVA et les rapports pour votre expert-comptable, vous vous demandez parfois si vous n'avez pas choisi le mauvais métier.
La bonne nouvelle ? La comptabilité Shopify peut devenir simple, voire totalement automatisée. Dans cet article, on va voir ensemble comment transformer cette corvée administrative en un processus fluide qui vous libère du temps pour ce qui compte vraiment : développer votre activité.
Les défis spécifiques de la comptabilité pour les marchands Shopify
Vous pensiez que tenir une comptabilité, c'était juste noter quelques ventes dans un cahier ? Bienvenue dans la réalité de l'e-commerce. La comptabilité Shopify n'a rien à voir avec la comptabilité traditionnelle d'un commerce physique.
D'abord, il y a le volume. Une boutique qui traite 100 commandes par mois se retrouve avec des centaines de lignes comptables à gérer : chaque vente génère une facture, des frais de transaction, potentiellement de la TVA à plusieurs taux. Multipliez ça par douze mois, et vous comprenez pourquoi le tableur Excel devient vite ingérable.
Ensuite, la multiplicité des flux financiers. Vous encaissez via Shopify Payments, PayPal, peut-être Klarna pour le paiement différé. Chaque plateforme prélève ses commissions à des moments différents. Résultat ? Votre chiffre d'affaires affiché dans Shopify ne correspond jamais exactement à ce qui arrive sur votre compte bancaire.
Et puis il y a la TVA. Si vous vendez uniquement en France, c'est déjà complexe avec les différents taux (20%, 10%, 5,5%). Mais si vous expédiez dans d'autres pays européens, ça devient un casse-tête : seuils de franchise, règles de taxation selon le pays du client, déclarations spécifiques.
Sans oublier les remboursements et les avoirs. Un client renvoie un produit ? Il faut annuler la facture initiale, créer un avoir, ajuster la déclaration de TVA. En manuel, c'est des heures de travail.
La législation française ne vous fait pas de cadeau non plus. Que vous soyez auto-entrepreneur ou en société, vous devez tenir une comptabilité rigoureuse, conserver vos justificatifs, déclarer vos revenus et votre TVA aux bonnes échéances. Une erreur peut coûter cher en redressement fiscal.
Comment déclarer ses revenus Shopify en conformité
Parlons concret : qu'est-ce que vous devez déclarer exactement quand vous vendez sur Shopify ?
Tout dépend de votre statut juridique. En auto-entrepreneur, vous déclarez votre chiffre d'affaires brut mensuel ou trimestriel. Attention au piège : Shopify affiche des montants TTC (TVA incluse), mais vous devez déclarer du HT. Si vous ne faites pas la distinction, vous risquez de payer trop de cotisations.
En société (EURL, SASU, SARL), c'est plus complet. Vous devez tenir une comptabilité en partie double : enregistrer chaque vente, chaque charge, calculer votre résultat. La TVA collectée doit être distinguée de la TVA déductible (celle que vous payez sur vos achats de stock, vos frais professionnels).
Voici ce que beaucoup de marchands oublient : le timing compte. Votre obligation fiscale naît au moment de la vente, pas au moment de l'encaissement. Si un client paie en trois fois avec Klarna, vous devez déclarer la vente complète immédiatement, même si vous ne recevez l'argent que progressivement.
Les échéances varient selon votre régime. En franchise de TVA (sous 36 800 € de CA), vous n'avez rien à déclarer concernant la TVA. Au régime réel simplifié, c'est une déclaration annuelle avec deux acomptes. Au régime réel normal, vous déclarez mensuellement.
Pour faciliter tout ça, de nombreux e-commerçants utilisent une application de facturation pour auto-entrepreneur qui génère automatiquement les documents conformes et prépare les déclarations. C'est un gain de temps considérable, surtout quand votre activité décolle.
Les différentes approches pour gérer sa comptabilité Shopify
Trois routes s'offrent à vous pour gérer votre comptabilité Shopify. Voyons laquelle correspond à votre situation.
L'approche manuelle : vous exportez vos données depuis Shopify au format CSV, puis vous saisissez chaque ligne dans votre logiciel comptable ou votre tableur. C'est gratuit (hormis votre temps). C'est aussi chronophage : comptez 3 à 5 heures par mois pour une centaine de commandes. Et les erreurs de saisie ? Inévitables. Cette méthode fonctionne au début, quand vous faites 20 ventes par mois. Au-delà, elle devient insoutenable.
L'approche semi-automatisée avec Excel ou Google Sheets : vous créez des templates avec des formules qui calculent automatiquement vos totaux, votre TVA, vos marges. C'est plus efficace que la saisie pure, mais ça reste fragile. Une formule qui se décale, une colonne mal formatée dans l'export Shopify, et tout part en vrille. Sans compter que vous devez quand même importer manuellement vos données chaque mois.
L'approche automatisée avec un logiciel comptable Shopify : votre boutique se synchronise directement avec votre outil de facturation. Chaque vente génère automatiquement une facture conforme, la TVA est calculée au bon taux, les exports comptables sont prêts en un clic. Coût : entre 20 et 100 € par mois selon les solutions. Temps gagné : jusqu'à 75% des tâches répétitives supprimées.
La plupart des marchands commencent par l'approche manuelle, migrent vers des tableurs, puis craquent pour l'automatisation quand ils atteignent 50-100 commandes mensuelles. Vous pouvez aussi sauter directement à la troisième étape et vous épargner des mois de galère.
Quels logiciels comptables sont compatibles avec Shopify
Tous les logiciels comptables ne parlent pas couramment Shopify. Voici le paysage des solutions disponibles en France.
Les logiciels généralistes comme Pennylane, Indy ou Tiime proposent des fonctionnalités comptables solides, mais leur intégration avec Shopify reste souvent basique. Vous devrez passer par Zapier (un connecteur tiers) ou importer manuellement vos données via CSV. Ça fonctionne, mais ce n'est pas optimal pour l'e-commerce : ces outils n'ont pas été pensés spécifiquement pour gérer les particularités des boutiques en ligne.
Quelques critères pour choisir votre logiciel comptable Shopify : la synchronisation doit être automatique et bidirectionnelle (les modifications dans Shopify remontent dans votre compta). La gestion multi-devises est indispensable si vous vendez à l'international. Le calcul automatique de TVA selon les règles européennes vous évitera bien des maux de tête. Et les exports doivent être compatibles avec le format attendu par votre expert-comptable (FEC pour Fichier des Écritures Comptables).
C'est là qu'intervient Facturii, développé spécifiquement pour les marchands Shopify. Issue du partenariat entre Huggii (agence spécialisée e-commerce) et Sinao (moteur comptable français), cette application pour facturation a été conçue pour répondre exactement aux besoins des boutiques en ligne.
Contrairement aux solutions généralistes, Facturii comprend nativement les spécificités Shopify : frais de transaction, remboursements partiels, codes promo, variantes de produits. L'intégration est native, pas bricolée avec des connecteurs tiers.
Facturii : l'automatisation complète de votre comptabilité Shopify
Vous voulez savoir concrètement comment Facturii transforme votre gestion administrative ? Laissez-moi vous montrer.
Imaginez : chaque fois qu'un client passe commande sur votre boutique, Facturii génère automatiquement la facture conforme aux normes françaises. Le bon format, les mentions légales obligatoires, la numérotation séquentielle. Tout est déjà fait quand vous vous connectez le matin.
La TVA ? Calculée automatiquement au bon taux selon le type de produit et la destination. Vous vendez des livres (taux réduit à 5,5%) et des accessoires (taux normal à 20%) vers la France et la Belgique ? Facturii applique la bonne règle à chaque transaction. Fini les erreurs qui vous coûtent un redressement fiscal.
Un client veut se faire rembourser ? Le processus est géré de bout en bout : création automatique de l'avoir, ajustement de votre comptabilité, mise à jour de vos déclarations de TVA. Ce qui vous prenait 20 minutes par remboursement se fait maintenant en quelques secondes.
Les frais Shopify (abonnement, commissions, frais de transaction) sont automatiquement identifiés et catégorisés comme charges déductibles. Plus besoin de les traquer manuellement dans vos relevés bancaires.
Vous travaillez avec un expert-comptable ? Facturii génère les exports au format FEC directement exploitable. Votre comptable reçoit des données propres, structurées, conformes. Ça lui fait gagner du temps (qu'il vous facture moins), et ça évite les allers-retours fastidieux pour corriger des erreurs.
Le gain de temps est réel : 75% des tâches répétitives supprimées selon nos utilisateurs. Ce sont des heures que vous récupérez chaque mois pour améliorer vos fiches produits, optimiser vos campagnes publicitaires, ou simplement souffler un peu.
Et parce que Facturii est né de l'expertise combinée d'une agence e-commerce (Huggii) et d'un moteur comptable français (Sinao), vous bénéficiez à la fois de la connaissance terrain des problématiques Shopify et de la fiabilité d'un logiciel comptable certifié. Pour découvrir Facturii en détail et voir comment il s'adapte à votre activité, n'hésitez pas à explorer les différentes fonctionnalités.
Optimiser ses coûts : comprendre les frais Shopify pour mieux les gérer
Parlons d'un sujet qui revient souvent : combien Shopify prélève-t-il exactement sur vos ventes ?
La structure tarifaire combine plusieurs éléments. D'abord, l'abonnement mensuel : 25 € pour le plan Basic, 79 € pour Shopify, 289 € pour Advanced si vous payez votre abonnement à l'année. Ensuite, les commissions sur ventes : entre 1.5% et 1.1% +0.25ct€ par transaction avec Shopify paiement selon votre plan (plus votre abonnement est élevé, moins la commission est importante) Pour l'abonnement PLUS, le taux est négociable selon votre volume de CA. Si vous passez par un prestataire extérieur comme payplug, Cawl... il faut prévoir 2% à 1% de frais de commission en plus des frais de Payplug...
Prenons un exemple concret pour un abonnement basic. Vous vendez un produit à 100 € TTC (soit 83,33 € HT avec 20% de TVA) sur un plan Basic avec Shopify Payments. Voici ce qui se passe : commission de 0,25 € + 1,5% = 1,75 €.. Vous recevez donc 98,25 € sur votre compte.
Si vous n'utilisez pas Shopify Payments mais un autre moyen de paiement (Payplug, CAWL...), c'est 2% de frais, plus les commissions du prestataire de paiement lui-même.
Pourquoi c'est important pour votre comptabilité Shopify ? Parce que tous ces frais sont déductibles fiscalement. Mais encore faut-il les comptabiliser correctement. Un bon logiciel identifie automatiquement ces charges et les classe dans les bonnes catégories comptables.
Vous pouvez facilement télécharger l'application sur l'appstore Shopify pour automatiser cette gestion et ne plus vous soucier des détails techniques. Pour approfondir vos connaissances sur la facturation et la gestion financière de votre boutique, consultez plus d'information sur notre blog dédié au sujet de la facturation Shopify.
Conclusion
La comptabilité Shopify ne devrait jamais être un frein à votre développement. Vous avez lancé votre boutique pour vendre vos produits, pas pour passer vos soirées sur Excel.
L'automatisation n'est plus un luxe réservé aux grandes entreprises. Des solutions comme Facturii rendent accessible à tous les marchands une gestion financière professionnelle, conforme et automatisée. Vous gagnez du temps, vous réduisez les erreurs, vous dormez mieux la nuit.
Alors si vous en avez assez de jongler entre vos exports Shopify et votre comptabilité, peut-être qu'il est temps de simplifier tout ça. Votre futur vous remerciera.
Questions fréquentes sur la comptabilité Shopify
Est-ce obligatoire d'avoir un logiciel de comptabilité pour ma boutique Shopify ?
Légalement, vous devez tenir une comptabilité conforme à votre statut (livre des recettes pour les auto-entrepreneurs, comptabilité complète pour les sociétés). Vous pouvez le faire manuellement, mais un logiciel garantit la conformité, facilite les déclarations et vous fait gagner énormément de temps. Dès que vous dépassez 50 commandes mensuelles, l'automatisation devient quasi indispensable.
Comment gérer la TVA quand je vends dans plusieurs pays européens ?
Depuis juillet 2021, si votre chiffre d'affaires intracommunautaire dépasse 10 000 €, vous devez appliquer la TVA du pays de destination et vous inscrire au guichet unique (OSS). En dessous de ce seuil, vous appliquez la TVA française. Un logiciel spécialisé comme Facturii applique automatiquement les bons taux selon la destination et votre situation, ce qui évite les erreurs coûteuses.
Puis-je utiliser Facturii si je travaille déjà avec un expert-comptable ?
Absolument, c'est même recommandé. Facturii prépare des exports comptables au format FEC directement exploitables par votre expert-comptable. Vous lui transmettez des données propres et structurées, ce qui lui fait gagner du temps (qu'il ne vous facture pas) et améliore la qualité de son travail. Beaucoup d'experts-comptables apprécient que leurs clients utilisent ce type d'outil.
Que se passe-t-il avec mes anciennes factures si j'adopte Facturii maintenant ?
Elle peut éventuellement être utilisée pour intégrer tout son chiffre d’affaires de (ou des) l’année(s) passée(s).
L’importation n’est pas un générateur de factures avec production d’un numéro de facture.
L’importation produit un duplicata de factures, le PDF dont vous disposez par ailleurs fait foi.
Pour réaliser un import unitaire de factures, aller dans Factures > roue crantée > Importer une facture (PDF, JPG).
Combien de temps faut-il pour mettre en place Facturii sur ma boutique ?
L'installation technique prend environ 5 minutes : vous installez l'application depuis le Shopify App Store, vous autorisez l'accès à vos données, et la synchronisation démarre. Ensuite, comptez 15-30 minutes pour paramétrer vos préférences (format de factures, mentions légales, catégories comptables). La plupart des marchands sont opérationnels en moins d'une heure.
