Quelles sont les meilleures solution de comptabilité compatible shopify ?

|Guillaume Beghin

Pourquoi la comptabilité Shopify mérite un outil dédié

Vous gérez une boutique Shopify qui fonctionne bien ? Félicitations. Mais avouez-le : la comptabilité, c'est le cauchemar de vos fins de mois. Entre les 50, 100 ou 200 transactions quotidiennes, les multiples modes de paiement (Shopify Payments, PayPal, virements), et cette fameuse TVA intracommunautaire qui vous donne des sueurs froides, vous passez un temps fou sur Excel.

La réalité des e-commerçants ? Un entrepreneur qui réalise 50 ventes par jour passe en moyenne 15 heures par mois en saisie manuelle et réconciliation comptable. Quinze heures que vous pourriez consacrer à développer votre boutique, améliorer vos produits ou simplement souffler un peu.

Et ce n'est pas qu'une question de temps perdu. Les doubles saisies génèrent des erreurs, les oublis de factures créent des trous dans votre comptabilité, et votre expert-comptable vous relance régulièrement pour obtenir des exports exploitables. Sans avoir une solution comme Facturii, solution de comptabilité pour Shopify adaptée, l'export des données Shopify devient un casse-tête mensuel.

D'ailleurs, saviez-vous que la facturation électronique devient obligatoire en France à partir de 2026 ? Toutes les entreprises devront émettre et recevoir des factures au format électronique conforme. Autant anticiper dès maintenant avec une solution qui automatise cette transition plutôt que de tout chambouler à la dernière minute.

Les critères essentiels pour choisir votre logiciel comptable

Tous les outils de comptabilité ne se valent pas quand on vend sur Shopify. Voici ce qui fait vraiment la différence au quotidien.

La synchronisation automatique native vient en premier. Votre logiciel doit parler directement avec Shopify via API, sans passer par des exports CSV manuels. Chaque commande, chaque remboursement, chaque frais de transaction doit remonter automatiquement. Point.

La conformité légale française n'est pas négociable. Votre application de facturation doit générer des factures conformes à la réglementation française, gérer la future e-facture, et produire le Fichier des Écritures Comptables (FEC) que votre expert-comptable réclamera à coup sûr.

La gestion de la TVA multi-taux vous évitera les migraines. Entre la TVA à 20%, 10%, 5,5% selon vos produits, plus la TVA intracommunautaire pour vos clients européens, il faut un outil qui calcule tout automatiquement. Une erreur de TVA peut vous coûter cher lors d'un contrôle fiscal.

L'export comptable compatible avec votre expert-comptable simplifie la collaboration. Formats FEC, CSV personnalisables, intégration avec les logiciels comptables professionnels : votre comptable doit pouvoir récupérer vos données en deux clics.

Enfin, parlons prix. Une application de facturation adaptée aux TPE et PME doit proposer un tarif transparent, sans vous ruiner. Vous n'avez pas besoin d'un ERP à 500€/mois quand vous démarrez.

Facturii : la solution française pensée pour Shopify

Laissez-moi vous présenter Facturii, né d'une collaboration entre l'agence e-commerce Huggii et le moteur comptable français Sinao. Cette application a été conçue spécifiquement pour résoudre les frustrations quotidiennes des vendeurs Shopify en France.

Le principe ? Zéro double saisie, zéro prise de tête. Facturii se synchronise automatiquement avec votre boutique Shopify. Chaque vente génère instantanément la facture correspondante, avec le bon taux de TVA, les bonnes mentions légales, et tout est classé chronologiquement. Vos clients reçoivent leurs factures, vous gardez vos archives conformes.

Les chiffres parlent d'eux-mêmes : les utilisateurs constatent un gain de temps de 75% sur leur gestion administrative. Ce qui vous prenait une journée entière se règle désormais en quelques heures par mois. Et encore, surtout pour vérifier que tout roule bien.

La gestion de la TVA ? Automatique. Export des données Shopify pour votre comptable ? Un bouton suffit. Factures conformes à la législation française ? Intégré nativement. Et cerise sur le gâteau : l'outil est déjà compatible avec la future facturation électronique obligatoire en 2026.

Ce qui fait vraiment la différence avec Facturii, l'application de comptabilité pour Shopify qui automatise votre gestion, c'est l'approche française. Les développeurs connaissent nos obligations fiscales, nos taux de TVA, nos exigences de facturation. Pas besoin d'adapter un outil anglo-saxon à notre législation : tout est pensé pour nous.

L'interface ? Épurée et intuitive. Pas besoin d'être comptable pour s'en sortir. En quelques clics, vous accédez à vos factures, vos exports, votre tableau de bord de TVA. Votre expert-comptable, lui, apprécie la qualité des exports qu'il reçoit.

Comparatif des autres solutions du marché

Soyons honnêtes : Facturii n'est pas la seule option sur le marché. D'autres solutions existent, avec leurs avantages et leurs limites.

Les logiciels comptables généralistes (type Sage, Cegid, EBP) proposent souvent des connecteurs Shopify. L'avantage ? Ce sont des mastodontes éprouvés, très complets. L'inconvénient ? Complexité importante, tarifs élevés (entre 300€ et 800€/an minimum), et interface pensée pour des comptables, pas pour des entrepreneurs e-commerce. Si vous avez déjà un expert-comptable qui utilise ces outils, ça peut avoir du sens. Si vous avez déjà un logiciel comme celui-ci, pas de problème, il existe des connecteurs sur étagère disponible.

Les outils spécialisés e-commerce internationaux offrent des fonctionnalités avancées et une connexion Shopify native. Le problème ? Peu sont vraiment adaptés à la législation française. Les factures ne respectent pas toujours nos mentions obligatoires, la gestion de la TVA intracommunautaire demande des ajustements manuels, et l'e-facture française reste un point d'interrogation.

Les applications de facturation gratuite ou pour auto-entrepreneurs existent également. Elles conviennent parfaitement si vous débutez avec quelques ventes mensuelles. Mais attention : elles manquent souvent d'automatisation poussée avec Shopify, et vous devrez migrer rapidement quand votre activité décollera.

Le choix dépend vraiment de votre situation : volume de ventes, budget, niveau de complexité accepté, et surtout votre besoin de conformité française. Pour un e-commerçant français sur Shopify cherchant l'équilibre entre automatisation, conformité et simplicité, les solutions pensées spécifiquement pour ce cas d'usage sortent du lot.

Comment déclarer vos revenus Shopify en toute conformité

Vous vous demandez comment déclarer vos revenus Shopify ? Le processus est plus simple qu'il n'y paraît, surtout avec les bons outils.

Première étape : récupérez vos données de ventes. Via l'export des données Shopify (ou automatiquement avec votre logiciel de comptabilité), vous obtenez le détail de toutes vos transactions. Attention à bien distinguer votre chiffre d'affaires brut (ce que les clients ont payé) de votre chiffre d'affaires net (après remboursements et annulations).

Deuxième étape : calculez votre TVA collectée. Pour chaque vente, vous avez collecté de la TVA que vous devez reverser à l'État. Votre outil doit vous fournir un récapitulatif clair par taux de TVA (20%, 10%, 5,5%). C'est ce montant que vous déclarez dans votre déclaration de TVA mensuelle, trimestrielle ou annuelle selon votre régime.

Troisième étape : préparez vos documents pour votre expert-comptable. Export comptable au format FEC ou CSV, récapitulatif des ventes, justificatifs des frais professionnels. Avec un bon système d'export des données Shopify intégré à votre comptabilité, tout est prêt en quelques clics.

Selon votre régime fiscal (micro-BIC, réel simplifié, réel normal), les modalités varient légèrement, mais le principe reste le même : transparence et documentation. Les outils qui automatisent ces exports vous font gagner un temps précieux et réduisent drastiquement les risques d'erreur.

Questions fréquentes sur la comptabilité Shopify

Quels logiciels comptables sont compatibles avec Shopify ?

De nombreux logiciels se connectent à Shopify via API officielle. Vous trouverez des solutions françaises spécialisées comme Facturii, des logiciels généralistes qui proposent des connecteurs (Sage, Cegid), et des outils internationaux sur l'App Store Shopify comme Facturii. L'important est de vérifier la conformité française, l'automatisation réelle et la gestion native de la TVA multi-taux.

Shopify est-il encore pertinent en 2025 ?

Absolument. Shopify reste l'une des plateformes e-commerce les plus robustes et évolutives du marché, avec un écosystème d'applications en constante croissance. Plus de 2 millions de marchands dans le monde font confiance à cette solution, et la plateforme continue d'innover avec de nouvelles fonctionnalités adaptées aux TPE comme aux grandes entreprises.

Combien Shopify prélève-t-il sur une vente de 100€ ?

Shopify fonctionne avec un abonnement mensuel (29€, 79€ ou 299€ selon le plan) plus des frais de transaction. Si vous utilisez Shopify Payments, les frais varient de 1,6% à 2,9% selon votre formule. Sans Shopify Payments, ajoutez 2% de frais supplémentaires. Sur 100€, comptez donc entre 1,60€ et 4,90€ de frais selon votre configuration, hors abonnement mensuel.

Quelle est la meilleure application de facturation pour Shopify ?

La meilleure application dépend de vos besoins spécifiques. Pour un e-commerçant français cherchant automatisation, conformité légale et simplicité, privilégiez une solution pensée pour la législation française avec synchronisation native Shopify, gestion automatique de la TVA, et compatibilité avec la future facturation électronique obligatoire. Le critère déterminant reste le gain de temps réel et la qualité des exports pour votre expert-comptable.

L'export des données Shopify est-il compliqué techniquement ?

Pas avec les bons outils. Shopify permet des exports CSV manuels depuis votre interface admin, mais c'est fastidieux et source d'erreurs. Les applications de facturation modernes se synchronisent automatiquement via API : toutes vos données remontent en temps réel sans intervention de votre part. Vous récupérez ensuite des exports comptables propres, formatés pour votre expert-comptable ou votre logiciel de gestion.

Prêt à simplifier votre comptabilité Shopify ? Découvrez comment Facturii peut vous faire gagner 75% de temps sur votre gestion administrative et vous préparer sereinement à l'obligation de facturation électronique. Votre expert-comptable vous remerciera aussi.

Guillaume BEGHIN

Guillaume Beghin

Guillaume BEGHIN, fondateur de Facturii, l’application de facturation pensée pour les e-commerçants Shopify !